Inspecteur à Reykjavik, Erlendur enquête sur le meurtre d'un vieil homme apparemment sans histoire. La photo de la tombe d'une petite fille retrouvée chez la victime réveille pourtant une affaire vieille de quarante ans. Et conduit Erlendur tout droit à Jar City, surprenante collection de bocaux renfermant des organes, véritable fichier génétique de la population islandaise...

Après qu'une vieille dame s'est pendue dans une église, un nouveau psychiatre découvre qu'elle était obsédée par la disparition inexplicable de son petit fils de huit ans trois ans plus tôt. Pendant ce temps, trois citadins restaurent une maison dans un village abandonné quand ils se rendent compte qu'elle est hantée. Les deux histoires interfèrent progressivement et il apparaît qu'un enfant nommé Bernodus, disparu dans des circonstances mystérieuses une soixantaine d'années plus tôt, est le lien entre les deux groupes…