Inspecteur à Reykjavik, Erlendur enquête sur le meurtre d'un vieil homme apparemment sans histoire. La photo de la tombe d'une petite fille retrouvée chez la victime réveille pourtant une affaire vieille de quarante ans. Et conduit Erlendur tout droit à Jar City, surprenante collection de bocaux renfermant des organes, véritable fichier génétique de la population islandaise...

De nos jours, en Islande. Expulsé de son logement avec sa femme et ses deux fils, Kristófer, ex-taulard et veilleur de nuit sur les docks de Reykjavik, accepte d’embarquer sur un porte-conteneurs et d’aller chercher à Rotterdam de l’alcool de contrebande. Mais ce voyage de douze jours va l’entraîner beaucoup plus loin que prévu…

Tiré d’une histoire vraie : Hiver 1984, un chalutier sombre au large des côtes islandaises. Les membres de l’équipage périssent tous en quelques minutes. Tous sauf un. Dans l'eau glaciale, cette force de la nature parvient, au terme d'une nage héroïque de plus de 6 heures, à regagner la terre. Face à l’incrédulité générale devant son impensable exploit, la vie de cet homme d'apparence ordinaire est alors bouleversée…

Après qu'une vieille dame s'est pendue dans une église, un nouveau psychiatre découvre qu'elle était obsédée par la disparition inexplicable de son petit fils de huit ans trois ans plus tôt. Pendant ce temps, trois citadins restaurent une maison dans un village abandonné quand ils se rendent compte qu'elle est hantée. Les deux histoires interfèrent progressivement et il apparaît qu'un enfant nommé Bernodus, disparu dans des circonstances mystérieuses une soixantaine d'années plus tôt, est le lien entre les deux groupes…