Trois petites histoires composent Memories. La première : "Magnetic Rose" , deux voyageurs de l'espace sont aspirés dans un monde parallèle sur un astéroïde. Un monde créé par les souvenirs d'une femme. Dans la deuxième, "Stink Bomb" , un jeune assistant dans un laboratoire se transforme accidentellement en un arme biologique humaine qui menace Tokyo. L'épisode final et troisième, "Cannon Fodder" , relate un jour de la vie d'une ville qui a pour unique préoccupation d'anéantir ses ennemies.

Sous l'attaque constante de monstrueuses créatures appelées Ange, qui cherchent à éradiquer l'humanité, l'agence spéciale NERV des Nations Unies, ajoute deux nouveaux pilotes d'EVA pour aider à défendre la ville de Tokyo-3 : la mystérieuse Mari Illustrious Makinami et l'intense Asuka Langley Shikinami. Pendant ce temps, Gendo Ikari et la SEELE avancent en secret sur un projet qui concerne Rei et Shinji.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis ses 3 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…

Madoka Kaname, une collégienne ordinaire, ainsi que sa meilleure amie Sayaka Miki, se voient offrir la chance de pouvoir réaliser tous les voeux qu'elles souhaitent par le mystérieux Kyubey, ainsi que de devenir Magical Girls et d'affronter les sorcières. Toutefois, leur camarade Magical Girl Homura Akemi semble déterminée à empêcher Madoka de devenir une Magical Girl à tout prix. Puella Magi Madoka Magica le Film Partie 1: Au Commencement est une redite de la première moitié de la série animée.