Dans un futur apocalyptique, une expérience scientifique aboutit à la création d'êtres aux pouvoirs extraordinaires, immédiatement massacrés par des unités militaires. Seul un groupe survit. Les créatures humanoïdes décident de se venger de toute l'humanité à l'aide d'une armée de robots. Pour contrer leurs plans de destruction, le responsable de leur création accidentelle plonge le corps de son fils défunt dans la même solution liquide qui aboutit à la naissance de la race des mutants. Revenu d'entre les morts, Tetsuya Azuma est le dernier espoir de l'humanité...

Ishikawa Goemon met la main sur un objet secret, ce qui provoque la colère du sanguinaire Toyotomi Hideyoshi. Sa tête mise à prix, le voleur virtuose va rapidement se retrouver au centre d'un écheveau de vengeances et de complots.

Tokyo, fin des années 60. Kizuki, le meilleur ami de Watanabe, s’est suicidé. Watanabe quitte alors Kobe et s’installe à Tokyo pour commencer ses études universitaires. Alors qu’un peu partout, les étudiants se révoltent contre les institutions, la vie de Watanabe est, elle aussi, bouleversée quand il retrouve Naoko, ancienne petite amie de Kizuki. Fragile et repliée sur elle-même, Naoko n’a pas encore surmonté la mort de Kizuki. Watanabe et Naoko passent les dimanches ensemble et le soir de l’anniversaire des 20 ans de Naoko, ils font l’amour. Mais le lendemain, elle disparaît sans laisser de traces. Watanabe semble alors mettre sa vie en suspension depuis la perte inexplicable de ce premier amour. Lorsqu’enfin il reçoit une lettre de Naoko, il vient à peine de rencontrer Midori, belle, drôle et vive qui ne demande qu’à lui offrir son amour.

Kei Nagai meurt dans un accident de voiture mais son corps est récupéré et son cerveau est relancé. Après l'accident, Kei apprend qu'il est un type d'immortel connu sous le nom de ajin (demi-humain). Ajin est considéré comme dangereux par les humains. Kei est recruté par le gouvernement et envoyé dans un centre de recherche. Là, il est détenu et subit des expériences douloureuses. Sato est aussi un ajin mais lui est un terroriste. Kei ne veut pas participer aux projets de Sato qui consistent à commettre des meurtres de masse contre des humains.