L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...

2017. Ami est devenu Président du Monde et dirige l’humanité toute entière. Après qu’un virus meurtrier ait ravagé Tokyo, la ville est isolée du reste du monde par des fortifications et une surveillance étroite. Jusqu’au jour où Ami déclare que l’humanité est menacée par des extra-terrestres. Seuls ceux qui croient en lui seront sauvés.