Depuis la mort brutale de son mari, Amelia lutte pour ramener à la raison son fils de 6 ans, Samuel, devenu complètement incontrôlable et qu'elle n'arrive pas à aimer. Quand un livre de contes intitulé 'Mister Babadook' se retrouve mystérieusement dans leur maison, Samuel est convaincu que le 'Babadook' est la créature qui hante ses cauchemars. Ses visions prennent alors une tournure démesurée, il devient de plus en plus imprévisible et violent. Amelia commence peu à peu à sentir une présence malveillante autour d’elle et réalise que les avertissements de Samuel ne sont peut-être pas que des hallucinations...
Le soir de Halloween 1997, pour les lycéens Corey, Jango et leur gang de skaters les Gromits, c'est le crépuscule de l'enfance et l'aube de l'âge adulte. C'est ce soir-là que Corey va voir ressurgir son passé en croisant la route de Jonah, qui fut son ami lorsqu'ils étaient plus jeunes mais qui est devenu le souffre-douleur de Jango. Corey le prend en pitié et accepte de le raccompagner chez lui en souvenir du bon vieux temps. Tandis qu'ils marchent dans les rues désertes de leur banlieue, les deux garçons se mettent à se raconter des histoires de fantômes, faisant ainsi ressurgir ceux, bien réels, qui hantent leurs mémoires. Chemin faisant, Corey se rend compte que Jonah et lui ont énormément de choses en commun. Y compris de terribles secrets qui vont ressurgir là où on ne les attend pas...