Deux prisonniers incarcérés sur "Dead Leaves", une cité-prison nichée sur les restes de la Lune, tentent de s'évader.

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?

Nous sommes en 2027 soit un an après la fin de la guerre-non nucléaire. Une ville relativement paisible appelée New Port est attaquée par des terroristes. L’armée japonaise décide de répliquer en postant son armée en plein cœur de New Port. Mais les terroristes frappent à nouveau. Une enquête est ouverte par le gouvernement nippon et celle-ci est confiée à la section 9 dirigée par Daisuke Aramaki. Afin de renforcer son effectif, le leader de la section 9 a intégré à son équipe un nouveau membre : une jeune demoiselle répondant au nom de major Motoko Kusanagi.

Kusanagi et Bâto enquêtent sur les agissements d'une organisation terroriste dont le symbole est une Scylla. Togusa enquête de son côté sur le meurtre d'un homme qui transportait des jambes artificielles fabriquées par la Mermaid's Leg corporation.

L’histoire nous entraîne dans le quotidien de Cadis Etrama Di Raizel, un puissant noble vampire aux pouvoirs mystérieux, qui se réveille après 820 années d’hibernation. Il retrouve alors son fidèle serviteur Frankenstein, qui est directeur du lycée Yeran, et intègre l’établissement pour découvrir le monde actuel. Alors que Rai (Raizel) se fait de nouveaux amis, une dangereuse organisation, qui crée des créatures, cherche à contrôler le pouvoir du Noblesse représenté par Raizel. Et ce n’est que le début d’une interminable lutte de pouvoir qui commence…