Dans un monde où la nature est hostile à l'Homme, Nausicaä - princesse de la Vallée du Vent - se bat pour protéger son village. Mais la guerre des hommes frappe à leur porte. Les vestiges d'une humanité industrielle menacent l'équilibre entre les rescapés humains du grand cataclysme et les insectes, protecteurs de la forêt toxique.

Sheeta, seule héritière des secrets de Laputa, la cité volante, attire l'avidité des pirates et de l'armée. Poursuivie, elle est sauvée par Pazu, un jeune pilote d'avion travaillant dans une cité minière.

Depuis la mort de son père, Yona vit seule avec sa mère. Chaque soir, elle parcourt les rues habillée d'un costume de pingouin, certaine qu'elle finira par voler comme son père le lui avait promis. Une nuit, elle rencontre une étrange marionnette, qui l'entraîne jusqu'à un village de Gobelins. Les Gobelins sont persuadés qu'elle est l'oiseau sans ailes qui viendra un jour les sauver...