Tokyo Sonata dresse le portrait d'une famille japonaise ordinaire.Le père, licencié sans préavis, le cache à sa famille.Le fils ainé est de plus en plus absent.Le plus jeune prend des leçons de piano en secret.Et la mère, impuissante, ne peut que constater qu'une faille invisible est en train de détruire sa famille.

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

Après avoir remercié Kaoru (Takei Emi) qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin (Sato Takeru) se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio (Fujiwara Tatsuya), l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.