Kôichi, jeune écolier en quatrième année de primaire, découvre une pierre bien étrange dans le lit asséché d'une rivière et la rapporte à la maison. Alors qu'il décide de laver ce précieux trophée, un étrange animal en sort. Surprise, c'est un kappa, un esprit de l'eau.La famille de Kôichi appelle ce kappa Coo et décide d'en prendre soin. Toutefois, la rumeur de la présence de Coo ne tarde pas à se propager et toute la ville ne parle plus que de lui. Coo, inquiet d'ennuyer la famille de Kôichi, décide de partir. L'aventure de Coo à la recherche d'autres kappa commence.

Dans le Japon de l'après-guerre, à Suo, une ancienne capitale vieille de mille ans, au printemps 1955, une petite fille de neuf ans nommée Shinko s'amuse à imaginer le monde tel qu'il était il y a mille ans, grâce aux histoires de son grand-père qu'elle affectionne. Une nouvelle élève timide et réservée, Kiiko Shimazu, est transférée en cours d'année dans son école. Les deux fillettes vont se lier d'amitié et partager d'inoubliables expériences, grâce à la Magie Millénaire.