A l'aube de la Restauration de l'empereur Meiji, un samouraï de basse caste, Munezo Katagiri, secrètement amoureux de la servante Kie, se trouve pris dans les luttes politiques entre clans. On lui ordonne de tuer son ancien ami Hazama, condamné à la suite d'un complot qui a ébranlé le clan. Il est écartelé entre son devoir, son amour impossible pour Kie, d'une caste inférieure, et la fidélité à son compagnon de sabre...

Dans une province rurale du nord du Japon, à Yamagata, où Daigo Kobayashi retourne avec son épouse, après l'éclatement de l'orchestre dans lequel il jouait depuis des années à Tokyo. Daigo répond à une annonce pour un emploi "d'aide aux départs", imaginant avoir affaire à une agence de voyages. L'ancien violoncelliste s'aperçoit qu'il s'agit en réalité d'une entreprise de pompes funèbres, mais accepte l'emploi par nécessité financière. Plongé dans ce monde peu connu, il va découvrir les rites funéraires, tout en cachant à sa femme sa nouvelle activité, en grande partie taboue au Japon.

Le frère de Motokazu part en voyage à l’étranger et demande à son frère de le remplacer au séminaire de l’université ou il est inscrit. Un professeur charge Motokazu d’une mission : faire participer Saraka, une étudiante particulièrement douée, au séminaire. Mais celle-ci s’y refuse. Il décide de rencontrer Saraka chez elle par curiosité. Dès leurs premiers échanges, il est captivé par sa personnalité et lui pose une question » Pourrait-on fabriquer un univers?

Le professeur bouddhiste «Zen» Dogen Zenji est une personne religieuse très importante à l'époque de Kamakura, il y a 750 ans. Après la mort de sa mère, il décide de déménager en Chine et de s'installer en tant qu'enseignant bouddhiste. Un beau matin, éclairé, Zenji retourne au Japon en tant qu'évangéliste dévoué du «nouveau» bouddhisme. Cependant, cette nouvelle forme de bouddhisme n'est pas acceptée dans toutes les communautés.

Afin de montrer à la population la valeur de la vie, chaque enfant reçoit dès son entrée à l'école primaire un vaccin. Parmi ces enfants, un sur mille reçoit un vaccin différent des autres car il contient une micro-capsule indétectable qui est capable de donner la mort à une date et heure précise. Entre leurs 18 et 24 ans, ce vaccin se met en route à la date programmée et ils reçoivent de la part d'un fonctionnaire l'ikigami, leur préavis de mort qui leur informe qu'il ne leur reste plus que 24 heures avant de mourir pour la nation.

Voulant mourir dignement, Hanshiro, un samouraï sans ressources, demande à accomplir un suicide rituel dans la résidence du clan Li, dirigé par le chef Kageyu. Essayant de décourager Hanshiro, Kageyu lui conte l’histoire tragique d’un jeune ronin, Motome, venu récemment avec la même requête...

Deux événements historiques qui ont approfondi l’amitié entre le Japon et la Turquie sont liés dans le film. Le 16 septembre 1890, le frégate turc Ertuğrul fait naufrage au large des côtes du Japon. Les populations locales réussissent néanmoins à sauver 69 personnes grâce à des mesures exceptionnelles de sauvetage en mer. En 1985, pendant la guerre Iran-Irak, l'Irak annonce son intention d'attaquer l'Iran. Plus de 300 Japonais se trouvent alors en Iran. La Turquie propose d'évacuer les Japonais. Cette histoire d’amitié et de compassion a été nominé pour le prix du cinéma décerné par la Japan Academy dans dix catégories, dont celles du meilleur film et du meilleur réalisateur, et a remporté le prix du meilleur enregistrement sonore et de la meilleure direction artistique.

A l'aube de la Seconde Guerre mondiale, Yūsaku Fukuhara, petit notable du port de Kobe décide de se rendre en Mandchourie. A son retour de Chine, il n'est plus le même, agit très étrangement. Sa femme s'interroge, la trompe-t-il ? Que s'est-il passé là-bas ?