Cloud Strife, ex‐soldat, décide de s’isoler de ses anciens compagnons pour lutter contre les souvenirs de son passé, seul. Cependant, quand il se fait attaquer par le gang de Kadaj, Loz, et Yazoo, qui recherchent leur « Mère » pour commencer leur « Réunion », Cloud va devoir plus que jamais affronter les souvenirs qui le tourmentent.

L’histoire se déroule à la fin du 19e siècle en Europe. Une nouvelle technologie permet de redonner aux cadavres une âme artificielle pour être utilisés en tant que main-d’œuvre ou soldats appelés les nécromates. John H. Watson (qui deviendra plus tard le partenaire de Sherlock Holmes), jeune étudiant en médecine à Londres, est recruté par le gouvernement pour devenir agent secret. Il est envoyé en Afghanistan sous couverture d’infirmier de l’armée. Watson apprend que le nécromate original (The One), créé il y a plus de 100 ans par le scientifique Victor Frankenstein, est encore en vie quelque part dans le monde orchestrant dans l’ombre un complot. Le jeune Watson décide de se lancer à sa poursuite.

Une énorme tempête de feu a dévasté la moitié des villes du monde, affaiblissant les hommes et donnant naissance à des mutants capables de manier le feu, les Burnish. 30 ans plus tard, un groupe de mutants terroristes, appelés les Mad Burnish, menacent de détruire de nouveau la Terre. Le seul rempart de l’humanité ? La Burning Rescue, une équipe de pompiers d’un nouveau genre. Galo Thymos et son équipe vont tout faire pour arrêter les Mad Burnish.

L'histoire prend place dans une petite ville nichée dans les montagnes. On y suit le quotidien d'Aoi, sa sœur Akane, son ex-petit ami guitariste Shinnosuke Kanomura et un jeune Shinno... qui n'est autre que le Shinnosuke du passé, âgé de 13 ans. Il y a 13 ans, les parents d'Aoi et Akane sont décédés et aujourd'hui, les deux jeunes filles vivent seules ; Akane, la grande-sœur, a renoncé à son rêve d'aller vivre à Tokyo pour subvenir aux besoins de sa cadette. Musicienne en herbe, Aoi est un jour invitée à venir se produire sur scène par un célèbre chanteur d'enka du nom de Dankichi. Au même moment, Shinnosuke, qui avait disparu quelques temps, refait son apparition dans les vies des deux sœurs... et Shinno aussi. Pour la première fois, Aoi va sentir son cœur battre pour quelqu'un.

Suite au massacre de Nibelheim par Sephiroth, Zack et Cloud tentent de fuir les forces de la Shinra et les Turks afin de rentrer à Midgar. Leur fuite est entrecoupée de flash-backs autour des événements ayant eu lieu à Nibelheim.