Yûgi, un jeune garçon, est fasciné par un jeu de cartes en vogue dans le pays. Ce jeu renferme de mystérieuses énergies antiques qui peuvent changer le cours de l'Histoire. Une force maléfique, enfouie depuis des millénaires dans les sables d’Égypte, vient de se réveiller. Autrefois vaincu par le double de Yûgi - le Pharaon -, Anubis revient sur Terre avec la ferme intention de se venger. Il est prêt à anéantir Yûgi et à prendre possession de la planète…

Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.

À bord du Bahr, Sana se mure dans le silence et garde ses distances avec tout l’équipage, Sinbad en tête, après que ses pouvoirs magiques ont suscité l’intérêt de tous. Il n’empêche, le capitaine Razzak est bien décidé à emmener la jeune fille auprès des siens, dût-il pour cela faire escale sur une étrange île où sommeillerait une lampe magique, alors même que les sbires de Galip sont toujours à leurs trousses.

Cet épisode se concentre sur la relation entre Mako et Iketani. Iketani emmène sa mère chez son médecin, au moment où il s'arrête sur une aire de repos il rencontre Sayuki et Mako. Mako lui propose de se revoir mais malheureusement au moment d'aller à son rendez vous il doit raccompagner une personne âgée à son hôtel. C'est ainsi qu'il doit se dépêcher de retourner à son rendez-vous mais sur le chemin l'une de ses roues crève, heureusement il parvient à trouver un téléphone...