Une nuit, le magnat William Parrish ressent une violente douleur tandis qu'une voix surgissant des ténèbres lui annonce sa mort prochaine. À ce moment-la, un jeune inconnu se présente à son domicile pour l'accompagner vers son dernier voyage. Ce messager de l'au-delà impose a Parrish de l'héberger chez lui afin de lui donner l'occasion de partager un temps les expériences, les joies, les émotions et les drames des vivants, qui semblent lui être étrangers. En l'espace de trois jours, Joe Black révèlera toute la famille Parrish à elle-même.

1964, une école catholique dans le Bronx.La père Flynn, un prêtre de la paroisse, entraineur de basketball, est soupçonné d'avoir fait des attouchements sur un garçon noir de douze ans.Soeur Aloysius, directrice de l'école, a des doutes sérieux sur la moralité du prêtre mais n'arrive pas à établir les preuves nécessaires à son renvoi.Quand soeur James, une soeur naïve, vient lui raconter un événement impliquant le père Flynn et un garçon de l'école, soeur Aloysius estime que ses soupçons sont confirmés. Elle part donc en guerre contre le prêtre, bien determinée à le demasquer. L'aumônier accusé va tenter de se disculper mais soeur Aoysius n'a pas dit son dernier mot. La doute s'installe. Quelles en seront les conséquences ? Et si tout cela n'était qu'un malentendu ?