Burt Gummer et son fils Travis Welker tombent sur des Graboïds et des Ass-Blasters alors qu'ils se rendent au Canada pour enquêter sur la multiplication d'attaques mortelles de vers géants. Arrivés dans une usine reculée de la toundra, Burt soupçonne que les Graboïds soient secrètement transformés en armes, mais avant qu'il puisse le prouver il est contaminé par du venin de Graboïd. Alors qu'il ne lui reste plus que 48h à vivre, son seul recours est de créer un antidote mais, pour cela, il faut que quelqu'un trouve comment on peut traire un Graboïd.
Dans l'Égypte ancienne, le maléfique seigneur de guerre Nebserek découvre le Croc d'Anubis, une épée maudite qui octroie un pouvoir surhumain à celui qui l'utilise. Mathayus, alias le Roi Scorpion, Tala, une princesse nubienne, Amina, mystérieuse femme dotée d'un secret magique ainsi que son gardien, un djinn nommé Enkidu vont former un quatuor improbable pour vaincre Nebserek...