Tout baigne à Bikini Bottom pour Bob l’éponge, l’éternel optimiste et ses amis: Patrick l’étoile de mer fidèle, Carlo le calamar égoïste, Sandy l’écureuil et Monsieur Krabs, le crustacé obsédé par l’argent! Cependant tout bascule quand la recette du pâté de crabe est volée par le diabolique pirate Steak Barbare (et les mouettes qui ne le quittent jamais…) ! Pour sauver leur monde, Bob et ses amis vont unir leurs forces (avec l’aide de Plankton, l’ennemi de toujours !) et débarquer dans le nôtre ! Transformés en super-héros, ils vont apprendre à maîtriser leurs super-pouvoirs, mais … ça va faire des vagues !
Superman, le héros de Metropolis, doit affronter un cyborg organique assoiffé de pouvoir : Brainiac. En effet, ce dernier absorbe l'intelligence et la connaissance d'un peuple, avant d'en exterminé la civilisation, en prenant soin de garder un échantillon d'une ville et ses habitants comme trophée. Avec l'aide de Supergirl, Superman va tout tenter pour détruire Brainiac et l’empêcher de détruire la Terre.
Two-Face, le mystérieux maître du crime dont on ne connaît que le nom, se sert du Roi Tut comme d’un pion et lance une vague de crimes. Batman et Robin sont pris par surprise et tout Gotham City est menacé ! Bruce Wayne se doutera-t-il qu’un de ses plus proches amis est peut-être le plus grand ennemi de Batman ? Avec l’aide de Catwoman, les Justiciers Masqués arriveront-ils à découvrir la véritable identité de ce sournois truand Jekyll/Hyde avant qu’il ne découvre la leur ?