Dans un futur ravagé et dominé par les humanoïdes, deux hommes vont se rencontrer et changer à tout jamais le destin de l'univers. Le premier, c'est Albator, le commandant d'un vaisseau-cargo. Il s'efforce de garder son indépendance dans le conflit qui oppose la Terre et le reste de l'univers aux Humanoïdes. Le second, c'est Alfred, un ingénieur-mécanicien. Il a construit secrètement un vaisseau de guerre, l'Atlantis, et recherche l'homme qui pourra le piloter…

Dans l'entre-deux-guerres quelque part en Italie, le pilote Marco, aventurier solitaire, vit dans le repaire qu'il a établi sur une île déserte de l'Adriatique. À bord de son splendide hydravion rouge, il vient en aide aux personnes en difficulté.

Aya est une jeune fille de 15 ans vivant avec ses parents, son jeune frère et ses deux sœurs cadettes. Elle mène une vie tout à fait normal pour son âge, sauf qu'elle fait de fréquentes chutes et qu'elle a du mal a voir les distances. Il s'avère qu'Aya souffre d'une maladie incurable. Cette maladie est dû aux cellules nerveuses du cerveau qui se détériorent progressivement, jusqu'à disparaître. Cela provoque à la longue une impossibilité à se mouvoir et à communiquer, mais n'affecte pas la compréhension. Comment Aya va t-elle vivre avec sa maladie ? Comment va réagir sa famille ?

Un village est ravagé par une épidémie de peste. La kunoichi Kagero escorte une troupe de soldats envoyée sur place pour enquêter mais rapidement exterminée par Tessaï, un des 8 démons de Kimon. Kagero est sauvée in extremis de la mort par l’intervention de Jubei Kibagami. Ce dernier, rônin solitaire, est contraint par Dakuan, un agent du gouvernement, de combattre chacun des 8 démons de Kimon avec l’aide de Kagero. Jubei réalise progressivement que leur chef n’est autre que son pire ennemi, Himuro Genma qui a pour dessein de prendre le pouvoir au Japon...