L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

Akihabara@DEEP raconte l'histoire de cinq otaku qui quittent la société pour finalement fonder leur propre entreprise informatique appelée Crook. Mais Nakagomi, président d'une société électronique influente appelée Digital Capital, fera tout pour mettre la main sur Crook

Tadashi Usobuki porte un costume noir et est un tueur à gages. Personne ne connaît son passé. Il reçoit des demandes de clients qui sont remplis de désir ou de haine. Il accomplit son travail en utilisant des méthodes comme le pouvoir de suggestion qui rend les meurtres presque impossibles à retracer.