Kom est un jeune Woonkos, tribu de singes de la canopée, dont la hantise est de tomber dans le monde du bas, qu'elle croit peuplé de monstres. Il refuse de croire ces vieilles légendes et se retrouve projeté dans ce fameux monde, l'univers du château des singes.

Une tribu Maya, menée par leur leader Black Eagle (Aigle Noir), tente de rejoindre le Texas depuis le Mexique dans un effort pour sauver ce qu'il reste de leur civilisation.