Akihabara@DEEP raconte l'histoire de cinq otaku qui quittent la société pour finalement fonder leur propre entreprise informatique appelée Crook. Mais Nakagomi, président d'une société électronique influente appelée Digital Capital, fera tout pour mettre la main sur Crook

Setsuko est en train de laisser filer sa vie jusqu'à ce que des cours d'anglais (et une perruque peroxydée) la transforment en son double, Lucy. Setsuko tombe rapidement amoureuse de son professeur, John, et quand celui-ci disparaît soudainement, elle embarque sa soeur dans une quête qui les mène de Tokyo jusqu'au sud californien, dans un triangle amoureux où rien ne se passe comme prévu…

Angleterre, années 1990. Earwig, orpheline âgée de 10 ans, est adoptée et emmenée de son orphelinat par un étrange duo qui prend en charge sa vie et son éducation. Earwig ne tarde pas à apprendre qu'elle est la fille d'une sorcière. Loin d'en être inquiète, elle se met aussitôt en tête d'apprendre la magie à son tour.

Enrôlé jeune dans les rangs des yakuzas, Kenji jure fidélité à son chef et promet de respecter le code d'honneur de sa famille dans un monde en perpétuelle évolution.