Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

Based on the "2.26 Incident", an attempted coup d'état in Japan 1936, launched by radical ultra-nationalist parts of the military. Several leading politicians were killed and the center of Tokyo was briefly held by the insurgents before the coup was suppressed.

Un accident dans les essais d’un bouclier magnétique révolutionnaire précipite une unité de l’armée japonaise, 460 ans dans le passé, à l’époque où les seigneurs de la guerre se partageaient le pays. Conscient de l’immense pouvoir que lui donnent hélicoptères de combat et blindés, le colonel Matoba prend le contrôle de la région. Envoyée au cours de la faille dans l’espace-temps, une autre unité de l’armée arrive en 1549. Sa mission : empêcher que Matoba détourne le cours de l’histoire…