L'Amérique possède désormais un agent secret encore plus courageux, plus intelligent et plus populaire auprès de la gent féminine qu'un certain agent anglais. Son nom ? Flint... Derek Flint. Aujourd'hui, notre homme doit faire face à l'arme la plus dangereuse et la plus destructrice qu'ait jamais connue le monde : la météo ! La planète est au bord du chaos et un seul homme peut la sauver. Cet homme s'appelle Flint.

Pendant la Guerre froide, les Etats-Unis et l'Union soviétique s'affrontent sur le plan scientifique. Le chercheur Jan Benes découvre une méthode permettant de miniaturiser les objets pour un temps indéfini mais ce dernier est victime d'un attentat en voulant passer à l'ouest du rideau de fer. Afin de le sauver du coma dans lequel il est plongé, 5 scientifiques américains embarquent d'un sous-marin miniaturisé et voyagent à l'intérieur du corps de Benes pour le soigner de l'intérieur.