Miles Morales, un adolescent afro-américain et portoricain vit à Brooklyn et s’efforce de s’intégrer dans son nouveau collège à Manhattan. Mais la vie de Miles se complique quand il se fait mordre par une araignée radioactive et se découvre des super-pouvoirs : il est désormais capable d’empoisonner ses adversaires, de se camoufler, de coller littéralement aux murs et aux plafonds ; son ouïe est démultipliée... Dans le même temps, le plus redoutable cerveau criminel de la ville, le Caïd, a mis au point un accélérateur de particules nucléaires capable d’ouvrir un portail sur d’autres univers. Son invention va provoquer l’arrivée de plusieurs autres versions de Spider-Man dans le monde de Mile.

L'histoire d'un jeune criminel qui, arrivant en prison, repense alors aux jours précédant son arrestation et à son enfance, essayant de trouver des raisons pour aller de l'avant et survivre à son incarcération. Le récit du film croisera trois récits / histoires en une.