Un jeune garçon passionné d'astronomie essaie d'arrêter l'invasion de sa ville par des aliens qui s'emparent de l'esprit de ses habitants en contrôlant l'esprit humain au moyen d'un implant situé dans le cou de leurs victimes. Avec l’infirmière de son école, le garçon va tenter d'alerter et obtenir l'aide de l'armée américaine.
1944, dans un camp de concentration. Séparé par la force de ses parents, le jeune Erik Magnus Lehnsherr se découvre d'étranges pouvoirs sous le coup de la colère : il peut contrôler les métaux. C'est un mutant. Soixante ans plus tard, l'existence des mutants est reconnue mais provoque toujours un vif émoi au sein de la population. Puissant télépathe, le professeur Charles Xavier dirige une école destinée à recueillir ces êtres différents, souvent rejetés par les humains, et accueille un nouveau venu solitaire au passé mystérieux : Logan, alias Wolverine. En compagnie de Cyclope, Tornade et Jean Grey, les deux hommes forment les X-Men et vont affronter les sombres mutants ralliés à la cause de Erik Lehnsherr / Magnéto, en guerre contre l'humanité.
Un nouveau gadget électronique aurait été mis au point : microscopique, injectable, simulant à retardement les effets d'une crise cardiaque. Indécelable autant qu'infaillible... Une course folle s'engage aussitôt pour prendre possession de cette arme parfaite. Seuls deux agents, ennemis jurés, ont le talent, l'audace et la ténacité nécessaires pour mener à bien cette mission.
Los Angeles, 1928. Un matin, Christine dit au revoir à son fils Walter et part au travail. Quand elle rentre à la maison, celui-ci a disparu. Une recherche effrénée s'ensuit et, quelques mois plus tard, un garçon de neuf ans affirmant être Walter lui est restitué. Christine le ramène chez elle mais au fond d'elle, elle sait qu'il n'est pas son fils...