Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.

Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!

Dans le village de Konoha, deux années après la 4ème grande guerre des ninjas, Naruto s’apprête à célébrer la fête de l’hiver entouré d’Hinata et de ses amis. Soudain, une météorite déchire la nuit de son intense lumière et voilà que la lune se rapproche anormalement de la Terre. Le Conseil des Kage se réunit en urgence face à cette menace de destruction de la planète ! Pour Naruto, Sakura, Shikamaru, Saï et Hinata le compte à rebours pour sauver la planète a commencé.

Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.

Après un conflit qui a déchiré toute la région, Konoha connait enfin la prospérité et le progrès. C’est dans ce contexte paisible que Naruto est nommé 7e Hokage à la tête du Village des Feuilles. Il prépare la tenue du prochain examen de sélection des Ninjas de Moyennes Classes afin de détecter de nouveaux talents. Seule ombre au tableau : son fils Boruto, qui lui en veut terriblement car il se sent délaissé. Mais voilà que Sasuke rentre brusquement au village avec des informations inquiétantes… Boruto, en admiration devant le seul rival sérieux de son père, prend son courage à deux mains et supplie le dernier des Uchiwa de l’accepter comme disciple. Pendant les épreuves de l’examen, deux sombres individus s'attaquent à Naruto ! Boruto est tétanisé et ne doit la vie sauve qu’à l’intervention de Sasuke. Il découvre stupéfait que Naruto a disparu avec ses mystérieux agresseurs au cours de l’attaque éclair…

Enmu, la première Lune Inférieure, a été chargé de tuer Kamado Tanjirô pour devenir une Lune Supérieure et avoir plus sang de Muzan. Pendant ce temps, Tanjirô, Zen'itsu et Inosuke décident d'acheter des billets pour monter à bord du train de l'infini et ainsi rejoindre Rengoku Kyôjurô, le Pilier de la flamme, dans l'espoir d'en apprendre davantage sur la danse du dieu du feu.

Le film de conclusion de la série animée Gintama, adaptant les derniers chapitres de la série manga du même nom écrite par Hideaki Sorachi. Le film couvre les chapitres 699-704 du manga original, avec du matériel original ajouté.