Dans une Angleterre uchronique, au XIXe siècle, Ray Steam est le fils de Edward et petit-fils de Lloyd, deux scientifiques inventeurs de machines à vapeur. Ils ne sont pas réapparus depuis plusieurs mois après leur départ pour l'Amérique, lorsqu'un colis contenant une boule métallique (la steamball) parvient au domicile de Ray et sa mère. Mais, deux hommes de la Fondation O'Hara qui financent les recherches des deux paternels, veulent s'en emparer...

Au XXIe siècle, une guerre nucléaire a transformé la plus grande partie de la surface de la Terre en désert, ce qui a également entraîné la contamination de l'approvisionnement en eau de la Terre. Un homme du nom de Sanga a construit le havre fortifié de la "Dernière Terre", où il gouverne comme son dictateur en monopolisant l'approvisionnement en eau non contaminée de la ville. Lorsqu'il apprend que les habitants du Freedom Village voisin essaient de creuser un puits pour le leur, Sanga envoie ses sous-fifres saboter leurs efforts. Kenshiro, maître de Hokuto Shinken, est impliqué dans le conflit entre les deux régions après avoir sauvé Tobi, un informateur embauché par Freedom Village.

La guerre contre le terrorisme a littéralement explosé, le jour où Sarajevo a été détruite par un dispositif nucléaire fait maison, les démocraties les plus importantes se sont transformées en états de surveillance totale et le monde en développement s'est noyé sous une vague de génocides. l'effondrement du système mondial, et il appartient à l'agent de renseignement Clavis Shepherd de suivre John Paul à travers l'épave des civilisations et de trouver le véritable cœur des ténèbres - un organe génocidaire.

Ce film est une version alternative de la série télévisée ; il est composé des deux OVA de 2007, éditées pour améliorer le rythme de l'intrigue, et d'un segment supplémentaire ressemblant à un épisode télévisé où les acteurs sont chargés d'étudier les fleurs. L'intrigue présente plusieurs différences avec la série télévisée. L'accent est plus marqué sur les événements d'il y a 12 000 ans, en particulier la mort d'Apollonios et l'implication de la précédente incarnation de Reika.