Le 1er avril 2011, Kamen Rider OOO se retrouve en train de combattre trois Mole Imagin , ignorant qu'ils sont Imagin jusqu'à ce qu'Ankh arrive pour confirmer que les monstres ne sont pas des Yummies. Les trois Imagin voient un garçon et sautent sur lui pour s'échapper dans le temps avant que le DenLiner n'apparaisse soudainement. Kotaro Nogami et Teddy émergent du train pour localiser la destination de Mole Imagin le 11 novembre 1971, confus sur la façon dont les souvenirs du garçon dépassent cette époque. Quand Ankh demande des réponses, Teddy explique qui lui et Eiji Hino sont à Kotaro, qui se présente alors en expliquant leur mission pour faire face à l'escroc Imagin qui perturberait l'écoulement du temps. Ankh demande à Eiji de rejoindre le DenLiner alors qu'il remonte le temps, averti par le propriétaire du DenLiner de rester dans le train afin de ne pas perturber le temps.

Dans le cadre d’une émission télévisée, trois actrices acceptent de participer à une expérience surnaturelle dans une maison hantée, dans laquelle une femme et sa fille ont vécu d’étranges expériences. Un exorciste va se rendre également sur les lieux. Il sera rapidement dépassé par les événements…

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

Après avoir remercié Kaoru (Takei Emi) qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin (Sato Takeru) se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio (Fujiwara Tatsuya), l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.