En sauvant Celebi, le Pokémon légendaire qui peut voyager dans le temps, des griffes d'un braconnier, le jeune Sammy est projeté dans le futur, à l'époque de Sacha et co. Avec l'aide de ses derniers, il part à la recherche du Pokémon fée pour pouvoir rentrer chez lui, mais c'est sans compter sur la présence d'un célèbre braconnier de la Team Rocket qui est lui aussi sur les traces du Pokémon temporel.

Quelques années après les événements de l'OAV Armitage III, Naomi et Ross sont toujours ensemble et élèvent leur petite fille Yoko en vivant sous de fausses identités. Le gouvernement de Mars souhaite entamer la phase Zephyria du programme de terraformation qui achèvera le plan de colonisation en dotant la planète rouge de ses propres océans. D'un autre côté, les dirigeants de la Terre préférerait voir ce monde demeurer une colonie à leur botte...

Luffy et son équipe arrivent dans une ville portuaire sur l'île d'Asuka, célèbre pour abriter un trésor légendaire : le Shichi Seiken (l'épée aux sept étoiles).A peine arrivés que Zoro disparaît après avoir reçu une mystérieuse dague avec son nom gravé dessus. L'équipage n'a pas le temps de s'occuper de sa disparition car ils sont pourchassés par des Marines qu'ils réussissent à semer après une belle voltige.Ils arrivent alors dans un petit village attaqué par les marines dont Zoro fait désormais parti. Surpris par l'attitude de leur compagnons, Luffy et son équipage cherchent à en savoir plus sur ce qui se trame et découvrent que Saga, un ancien ami de Zoro, se cache derrière tout ça, il tenterait de réveiller le Shichi Seiken. Luffy décide alors de venir en aide à Maya, la prêtresse du village et ancienne petite amie de Saga.

Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!

Tout débute lorsqu'Arata touche accidentellement Hermes Apocrypha, le grimoire de Lilith. Cela a pour conséquences de faire apparaître une fille se nommant Lilim et qui considère Arata et Lilith comme ses parents. Pendant ce temps, dans la bibliothèque, est scellé le Seigneur des Démons Blancs. Cette personne complote pour éliminer Arata et les Trinity Seven pour ainsi usurper la position du Seigneur des démons. Possédant une puissance incalculable, le Seigneur des démons blancs attaque Arata et déclenche une crise sans précédant où ce dernier, avec l'aide des Trinity Seven, va devoir le battre pour sauver le monde.