Brian Sweeney Fitzgerald, plus connu sous le nom de Fitzcarraldo, rêve de construire le plus grand opéra du monde à Iquitos, au cœur de l’Amazonie. Pour gagner l’argent nécessaire à son projet, il achète une concession de caoutchouc le long du fleuve Uycali, réputé inaccessible à cause de violents rapides. Pour atteindre sa concession, Fitzcarraldo choisit de descendre le fleuve Pachitea, séparé de l’Uycali seulement par une montagne. Il devra hisser son bateau à vapeur en haut de la montagne pour basculer sur l’autre versant. Sa tentative finit par échouer et Fitzcarraldo transforme son navire en théâtre en accueillant chanteurs et musiciens pour un spectacle unique au cœur de la forêt amazonienne.
Bill Markham et sa femme s'installent en Amazonie, où Bill est chargé de diriger la construction d'un grand barrage. Leurs deux enfants les accompagnent. Au cours d'une promenade, le petit Tommy disparaît. Enlevé par les « Invisibles », une tribu autochtone, il est adopté et initié par leur chef, Wanadi. Parfaitement intégré, Tommy participe aux tâches quotidiennes. Un jour, alors qu'il cherche des pierres, il se trouve nez-à-nez avec son père, qui n'a jamais renoncé à retrouver sa trace. Celui-ci, poursuivi et blessé par une autre tribu, les « Féroces », est soigné par les « Invisibles ». Bill, qui comprend et respecte le choix de son fils resté auprès de sa tribu, retourne en ville. De leur côté, les « Féroces » se procurent des balles pour le fusil-mitrailleur qu'ils ont trouvé...