Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux le long de la côte nord-ouest du Pacifique. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échaper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.
Nick Fury est l'ancien directeur du S.H.I.E.L.D. (Strategic Homeland Intervention, Enforcement, and Logistics Division), maintenant à la retraite dans le Yukon, depuis la fin de la Guerre froide. On lui propose de reprendre du service afin de mettre hors d'état de nuire les agents de l'organisation terroriste HYDRA, dirigée par les enfants du baron Wolfgang von Strucker, l'ancien nazi que Fury a jadis combattu. HYDRA a synthétisé un agent pathogène, le « virus de la Tête de mort », et menace de le répandre dans Manhattan à partir de missiles cachés dans un camion-poubelle, à moins que ne lui soit versé un milliard de dollars. Les enfants du baron von Strucker veulent édifier un quatrième Reich.
Toujours considérés comme des monstres par une société qui les rejette, les mutants sont une nouvelle fois au centre des débats alors qu'un crime effroyable commis par l'un d'eux relance la polémique autour de l'Acte d'Enregistrement des Mutants et le mouvement anti-mutants, dirigé par l'ancien militaire William Stryker. Quand ce dernier lance une attaque contre l'école de mutants du Professeur Charles Xavier, les X-Men se préparent à une guerre sans merci pour leur survie, aidés de Magnéto, récemment évadé de sa cellule de plastique. Parallèlement, Wolverine enquête sur son mystérieux passé, auquel Stryker, dont on dit qu'il a mené de nombreuses expériences sur les mutants, ne serait pas étranger...
Une lourde menace pèse sur l’univers. Planète après planète, les féroces Necromongers étendent leur empire, ne laissant aux populations conquises qu’une alternative : se convertir ou mourir. Et c’est ainsi que le plus improbable sauveur de la galaxie est tiré de son exil et appelé à la rescousse…
Un nouveau gadget électronique aurait été mis au point : microscopique, injectable, simulant à retardement les effets d'une crise cardiaque. Indécelable autant qu'infaillible... Une course folle s'engage aussitôt pour prendre possession de cette arme parfaite. Seuls deux agents, ennemis jurés, ont le talent, l'audace et la ténacité nécessaires pour mener à bien cette mission.
Le gouvernement a créé une équipe de soldats d'élite, afin de protéger la Terre contre d'éventuelles invasions extraterrestres. Un réseau satellite détecte un appareil se rapprochant de la planète à très grande vitesse. Après l'inévitable collision, les militaires sont dépêchés sur les lieux. Ils découvrent alors une race extraterrestre qui se montre capable de revêtir une apparence humaine.
Un milliardaire décide d'organiser son propre enlèvement pour échapper à sa femme, que celle-ci veut le kidnapper pour obtenir un divorce en sa faveur, qu'une employée mécontente décide de séquestrer son patron, qui n'est évidemment que le même milliardaire, et, pour couronner le tout, qu'un looser à court d'argent décide de faire de même pour une petite rançon ! Sans compter qu'un autre employé se fait enlever à la place de notre patron milliardaire... En fait, on y croit et ces enlèvements successifs sont sources de quiproquos du meilleur aloi et les nombreuses bimbos nous aident à supporter ces instants angoissants ;-). Comme dans la plupart des comédies, tout finira bien. Ou presque...
11 septembre 2001. Une chaleur étouffante règne dès le lever du jour dans les rues de New York. Will Jimeno, du Port Authority Police Department, se demande s'il ne va pas prendre un jour de congé pour s'adonner à la chasse à l'arc. Il choisit finalement de se rendre au travail et rejoint le sergent John McLoughlin, alors que celui-ci et ses collègues du PAPD commencent leur tournée quotidienne dans les rues de Manhattan. Une journée banale qui commence comme tant d'autres... Sitôt l'alerte donnée, cinq policiers, dont McLoughlin et Jimeno, se rendent au World Trade Center et s'introduisent dans les Tours jumelles. McLoughlin et Jimeno survivent par miracle à l'effondrement des gratte-ciel. Ils se retrouvent piégés sous plusieurs tonnes de béton, de charpentes métalliques tordues, de verre et de gravats...
L'arrivée sur Terre de Klaatu, un extraterrestre d'apparence humaine, provoque de spectaculaires bouleversements. Tandis que les gouvernements et les scientifiques tentent désespérément de percer son mystère, une femme, le docteur Helen Benson, parvient à nouer un contact avec lui et à comprendre le sens de sa mission. Klaatu est là pour sauver la Terre... avec ou sans les humains.
Une comète doit passer près de la Terre mais les calculs montrent qu'elle ne fera que la frôler en causant des interférences magnétiques. Un astrophysicien, James Mayfield, étudie de près ces perturbations car il pense que la comète pourrait tout de même frapper la Terre. Lorsqu'un fragment de l'astéroïde se détache et s'écrase en Alaska, James commence à soupçonner que les effets de la catastrophe vont bien au-delà des dégâts constatés au sol. En effet, le choc a provoqué un glissement de l'axe des pôles : les perturbations magnétiques vont s'aggraver et pourraient même entraîner la disparition de toute vie sur Terre...
En juillet 1987, à Harlem, Joy met au monde une petite Carlina qui fait la joie de toute sa famille. Le même jour, dans le Connecticut, Ann subit une troisième fausse couche. Elle décide alors d'enlever un enfant et de l'élever comme le sien. Seize ans plus tard, la jeune Nejdra a besoin de son certificat de naissance pour s'inscrire à son tour à la maternité. Elle réalise que sa mère lui cache quelque chose. Elle lance sa propre enquête et découvre au bout de quelques années qui sont ses vrais parents.
César et les Singes sont contraints de mener un combat dont ils ne veulent pas contre une armée d'Humains dirigée par un Colonel impitoyable. Les Singes connaissent des pertes considérables et César, dans sa quête de vengeance, va devoir lutter contre ses instincts les plus noirs. Au terme d’un périple qui le conduira à un face à face avec le Colonel, les Singes et les Humains vont se livrer une guerre sans merci à l’issue de laquelle une seule des deux espèces survivra - et dominera la planète.
À son retour au travail après avoir récupéré d'une blessure par balle, un policier découvre des preuves compromettantes d'activités illégales concernant ses proches. Il se retrouve rapidement pris au piège dans son propre quartier, pourchassé et à la recherche de la vérité, alors que ses collègues ripoux ne reculent devant rien pour récupérer les preuves.
Suite à ses deux invasions ratées de la Terre, Darkseid a été sur un chemin de guerre, conquérant d'innombrables mondes. À la Watchtower, la Justice League , rejointe par de nouveaux membres John Constantine et son amant Zatanna , fait un plan pour contrer son invasion à travers l'univers. Cependant, à leur insu, Darkseid les regarde à travers la technologie de Victor Stone . La Ligue se dirige vers Apokolips tandis que les Teen Titans restent sur Terre en tant que "garde à domicile". A leur arrivée, la Ligue est attaquée par des "Paradooms"; hybrides génétiques de Parademons et Doomsday . Pendant l'attaque, plusieurs héros sont tués. Darkseid démantèle Cyborg - qui permet à Shazam de s'échapper - et remplace ses pièces par la technologie apokoliptienne, asservit Diana , Starfire , Hawkman , Mera et Martian Manhunter pour devenir ses Furies mécanisées, place Batman dans son contrôle mental, faisant de lui son bras droit, et injecte à Clark Kent du liquide de Kryptonite, le dépower...
Alors qu’une étrange vague de mystérieuses noyades d’étudiants masculins déferle sur la côte californienne, Jake Graham lutte pour maintenir sa vie à l’école. Il se retrouve traqué par une silhouette cagoulée conduisant une camionnette banalisée, et craint de devenir la prochaine victime des tueurs.