Le programme Treadstone dont Jason était le cobaye n’était que la partie émergée d’une conspiration plus ténébreuse, ourdie par d’autres branches du gouvernement et mettant en jeu d’autres agences de renseignement, d’autres programmes militaires, d’autres laboratoires secrets… De Treadstone est né «Outcome», dont Aaron Cross est un des six agents. Sa finalité n’est plus de fabriquer des tueurs, mais des hommes capables d’assurer isolément des missions à haut risque. En dévoilant une partie de cette organisation, Jason laissait derrière lui un «héritage» explosif : compromis, les agents «Outcome» sont désormais promis à une liquidation brutale. Effacés à jamais pour que le «père» du programme, le Colonel Byer puisse poursuivre ses sinistres activités. Une gigantesque chasse à l’homme commence, et Cross, devenue sa première cible, n’a d’autre recours que de retrouver et gagner la confiance de la biochimiste d’«Outcome», Marta Shearing, elle-même menacée de mort…
Sommes-nous maîtres de notre destin ? Ou sommes-nous manipulés par des forces invisibles ? Dans L'Agence, Matt Damon incarne un homme qui entrevoit l'avenir que le Sort lui réserve et se rend compte qu'il aspire à une autre vie que celle qui lui a été tracée. Pour y parvenir, il va devoir poursuivre la femme dont il est tombé follement amoureux, à travers les rues de New York et ses réseaux souterrains. David Norris (Matt Damon) est un homme politique ambitieux qui s'apprête à siéger au Sénat quand il fait la connaissance d'une éblouissante danseuse étoile, Elise Sellas (Emily Blunt). C'est le coup de foudre, mais David s'aperçoit rapidement que de mystérieux hommes conspirent à le séparer de l'objet de son affection.
Leia, une jeune femme âgée de 21 ans, est retrouvée par la police, après dix-sept ans de captivité passés dans une cave. Son ravisseur, Benjamin, est aussitôt incarcéré. Leia retrouve ses parents, sa maison, mais elle n'a plus aucun souvenir d'eux, ni de l'endroit où elle a vécu. Malgré les attentions de ses proches et l'aide psychologique qui lui est apportée, Leia ne parvient pas à retrouver ses marques.