Alors qu'il a passé une grande partie de sa carrière à défendre les libertés civiles et les droits de ces concitoyens, Eddie Dodd, avocat, s'est reconverti dans la défense des dealers de drogue, une cause plus lucrative. Roger Baron, un jeune idéaliste qui admirait la carrière de son aîné rejoint son cabinet pour apprendre le métier auprès de lui. Il le pousse à défendre un jeune coréen condamné à huit ans de prison pour un meurtre qu'il n'aurait peut-être pas commis.
Apres avoir lancé un message à travers l'espace sur l'existence de notre espèce, une équipe scientifique reçoit la réponse vingt ans plus tard sous la forme d'un échantillon d'ADN extraterrestre. Sous la direction du docteur Xavier Fitch, les Américains tentent en secret une expérience de fécondation.
Après l'explosion d'un mystérieux laboratoire, Jobe qui en est le seul survivant, oscille entre la vie et la mort. Il est alors pris en charge par le Dr Cori Platt qui entreprend de reconstruire son esprit en utilisant l'informatique et la réalité virtuelle. Pendant ce temps, le scientifique Benjamin Trace se bat pour conserver l'exploitation de son programme de réalité virtuelle nommé "Chiron". Malheureusement l'invention est mise aux enchères et c'est John Walker, un homme d'affaire cupide qui s'en empare afin de contrôler l'accès de toutes les autoroutes de l'information. Walker pense alors à Jobe, simple d'esprit devenu demi-dieu cybernétique pour l'aider dans son projet démoniaque. Seul le scientifique Trace peut contrer Jobe devenu une monstruosité synthétique, d'une puissance incommensurable.
Craig Schwartz est marionnettiste de rue, mais ne parvient pas à vivre de son art. Lotte, son épouse, s'intéresse beaucoup plus à ses animaux qu'à lui. Devant leurs difficultes financières, le jeune homme trouve un emploi au septième étage du building de l'entreprise Lester. En classant des dossiers, Craig découvre une porte dérobée et l'emprunte. Celle-ci le conduit pour quinze minutes à l'intérieur de John Malkovich. Cette prodigieuse découverte va lui permettre de changer de vie.
Matthew, 18 ans, est un étudiant modèle qui n'a jamais vraiment vécu sa vie, jusqu'au jour où il tombe sur sa nouvelle voisine, la magnifique et apparemment innocente Danielle. Quand Matthew découvre que cette voisine idéale est une ex-star de films X, il va commencer à perdre le contrôle de sa paisible existence...