Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…
Sur la route, le Loup à l'enfant est provoqué en duel à cinq reprises par les meilleurs guerriers du fief Kuroda, chargés de vérifier son invincibilité avant de lui confier une mission cruciale : tuer le moine Jikei qui s'apprête à trahir leur suzerain en remettant au clan Yagyû un document compromettant : Kuroda, amoureux fou de sa concubine et manipulé par elle, a en effet signé un décret interne faisant de leur fille son héritière, au détriment de son fils légitime. Ogami accepte le travail et part à la recherche du moine. Mais le clan Yagyû est prêt à tout pour récupérer le document qui lui permettra, au nom du Shôgun, de démanteler le fief Kuroda et de récupérer ses territoires.
Jojima est un policier qui s'est fixé comme but de mettre fin aux activités du truand Ryuichi. Mais quand il voit que le seul moyen de sauver sa fille, atteinte d'une maladie mortelle, est de réclamer l'aide d'un caïd yakuza afin de payer l'opération, Jojima n'hésite pas et pactise avec l'ennemi. De son côté, Ryuichi a également des problèmes familiaux : son petit frère, de retour des Etats-Unis où il était parti étudier, réalise soudainement que l'argent qui a financé sa formation provient d'actions criminelles. La tension et la rage vont aller crescendo...
Aoyama, 42 ans, est producteur de films. Sa femme est décédée il y a sept ans, mais il vit toujours sa disparition avec difficulté. Un jour, suivant les conseils d'un vieil ami, Yasuhisa Yoshikawa, il décide de se remarier et organise une audition pour une série télévisée fictive afin de trouver sa nouvelle compagne parmi les candidates. L'une des dernières à se présenter, Yamazaki Asami, est une jeune femme d'une troublante beauté. Aoyama en tombe instantanément amoureux. Il la rappelle et dîne en tête à tête avec elle. Quelques jours plus tard, Aoyama lui téléphone à nouveau. Yamazaki est chez elle, prostrée dans l'obscurité. Elle est seule ou presque. Commence alors pour Aoyama une plongée vertigineuse dans un enfer sanglant, dont les retombées seront excessivement douloureuses.
Kyoko rend visite à son petit ami dans le restaurant où il travaille. Lorsque le propriétaire, M. Wang, répond au téléphone, il reçoit un message annonçant sa mort immédiate. Son décès suscite la curiosité d'une journaliste qui révàle à Kyoko que son amie Madoka a reçu un appel similaire entrainant la mort de la jeune femme. Lors de l'autopsie de M. Wang et Madoka, Kyoko reçoit à son tour un appel téléphonique. La malédiction se répand comme un virus que rien ne semble pouvoir arrêter.
En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs Shinobis du pays. Malheureusement, ils sont aussi ennemis depuis plusieurs siècles. Malgré tout, l'amour naît parmi la haine des combattants de ces villages. Oboro, du clan Iga, et Gennosuke, du clan Koga, se sont rencontrés, et aimeraient ne plus se séparer. Mais pour cela il leur faut trouver le moyen d'unifier leurs clans. C'est sans compter sur l'espoir du premier Shogun : afin de pacifier la région il organise un combat à mort entre les cinq meilleurs Shinobis des deux clans. Oboro et Gennosuke en sont les chefs. Les deux amoureux devront choisir.
2017. Ami est devenu Président du Monde et dirige l’humanité toute entière. Après qu’un virus meurtrier ait ravagé Tokyo, la ville est isolée du reste du monde par des fortifications et une surveillance étroite. Jusqu’au jour où Ami déclare que l’humanité est menacée par des extra-terrestres. Seuls ceux qui croient en lui seront sauvés.
Dans une lutte impitoyable pour le pouvoir, plusieurs clans yakuza se disputent la bienveillance du Parrain. Les caïds montent dans l'organisation à coups de complots et de fausses allégeances. Otomo, yakuza de longue date, a vu évoluer ses pairs : des tatouages élaborés et des phalanges sectionnées, ils sont passés à la haute finance. Leur combat pour arriver au sommet, ou du moins pour survivre, est sans fin dans un monde corrompu où règnent trahison et vengeance. Un monde où les héros n'existent pas...
Sur la planète Mars, en 2071, un camion-citerne explose dans le cratère d'Alba City. Aux dizaines de victimes tuées par l'explosion s'ajoutent des centaines de personnes qui succombent à une mystérieuse maladie. Les autorités soupçonnent une attaque biologique terroriste et offrent une énorme récompense pour la capture des responsables.Sans un sou en poche, les chasseurs de prime du Bebop voient là l'occasion de se renflouer et entament leur enquête. Une ombre entraperçue, une capsule de poison, un consortium pharmaceutique, un tatouage, un suspect mort depuis longtemps et une unité militaire spéciale, telles sont les pièces du puzzle qu'il leur faudra rassembler pour espérer percer le secret...