Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.

L'avion du Vice-Président des Etats-Unis atterrit de manière imprévue sur une île d'Amérique du Sud. Son prestigieux passager est kidnappé par des forces rebelles qui réclament une rançon en échange de sa libération. Une femme agent des services secrets et l'attaché de presse du Vice-Président vont tenter d'infiltrer le camp ennemi pour le sauver.