Au Japon, deux prisonniers en fuite, matricule KSC2-303 et un voisin de cellule, courent dans une forêt mystérieuse où ils ont donné rendez-vous à leurs complices. À leur arrivée, une voiture approche. Cinq yakusas en sortent. Les deux fugitifs sont pressés de partir, mais on leur donne l'ordre d'attendre le chef du gang. Les yakusas font descendre une jeune femme qu'ils commencent à frapper. KSC2-303 lui porte secours, s'empare d'un pistolet et abat un gangster. On le croyait mort, mais tel un zombie, il se relève et saute sur l'un de ses acolytes. Abasourdis par ce qu'ils voient, les tueurs criblent de balles le mort-vivant qui finit par s'écrouler. Profitant de la panique, KSC2-303 s'enfuit avec la demoiselle dans la forêt.

À la suite d'une vague incessante de guerres et d'une croissance démesurée de la pollution, d'énormes monstres font leur apparition. Heureusement pour l'humanité, l'EDF (Earth Defense Force), veille et emploie des unités mutantes pour combattre la nouvelle menace. Lorsque les différentes créatures gigantesques se mettent à attaquer simultanément les diverses capitales de la planète, l'EDF se retrouve soudainement impuissante face à l'énorme invasion.

Tokyo, fin des années 60. Kizuki, le meilleur ami de Watanabe, s’est suicidé. Watanabe quitte alors Kobe et s’installe à Tokyo pour commencer ses études universitaires. Alors qu’un peu partout, les étudiants se révoltent contre les institutions, la vie de Watanabe est, elle aussi, bouleversée quand il retrouve Naoko, ancienne petite amie de Kizuki. Fragile et repliée sur elle-même, Naoko n’a pas encore surmonté la mort de Kizuki. Watanabe et Naoko passent les dimanches ensemble et le soir de l’anniversaire des 20 ans de Naoko, ils font l’amour. Mais le lendemain, elle disparaît sans laisser de traces. Watanabe semble alors mettre sa vie en suspension depuis la perte inexplicable de ce premier amour. Lorsqu’enfin il reçoit une lettre de Naoko, il vient à peine de rencontrer Midori, belle, drôle et vive qui ne demande qu’à lui offrir son amour.