Au XVIème siècle, l'Inde est dominée par la dynastie des empereurs musulmans moghols. Le dernier héritier, Jalaluddin Muhammad, un farouche guerrier, multiplie les batailles pour agrandir le territoire de l'empire. Afin d'unifier tout l'Hindoustan, il consent à épouser Jodhaa, une princesse Rajpoute hindoue. Mais une fois mariés, celle-ci demeure distante avec Jalaluddin, refusant d'être la victime d'une alliance politique...
En inde, au début du 18e siècle, Bajirao ? guerrier émérite est marié à Kashi Bai. Mastani, princesse Musulmane, lui demande son aide pour combattre l’envahisseur qui la menace. Bajirao, impressionné par ses qualités de guerrière, accepte de l’aider et réussit à vaincre les ennemis. Contre toute attente, Mastani et Bajirao tombent amoureux…