Pendant la guerre de Sécession, Tuco et Joe se lancent à la recherche d'un coffre contenant 200 000 dollars en pièces d'or volés à l'armée sudiste. Ayant des indices complémentaires sur la cache, chacun a besoin de l'autre. Mais un troisième homme entre dans la course : Sentenza, un tueur qui ne recule devant rien pour parvenir à ses fins.
Un savant travaillant dans un institut spécialisé dans la recherche génétique est assassiné dans son laboratoire. Des dossiers compromettants sont dérobés. Le journaliste Carlo Giordani, aidé d'un aveugle, mène l'enquête, découvre que les chercheurs de l'institut travaillaient sur le facteur X.Y.Y., un code génétique qui, selon eux, se retrouverait chez les personnes sujettes à la violence, à la criminalité. Une série de meurtres débute alors, vise à empêcher la progression de l'enquête qui part vers 9 pistes différentes.