Batman, Batgirl et Robin s’associent avec Les Tortues Ninja pour combattre l’ennemi juré des tortues, Shredder, qui a apparemment fait équipe avec Ra’s Al Ghul et la Ligue des Assassins.

Les oiseaux et les cochons continuent de se battre sans relâche. Mais la menace d’un nouvel adversaire vient perturber les voisins ennemis. Red, Chuck, Bombe et l’Aigle Vaillant recrutent Silver, la sœur de Chuck et s’associent aux cochons Léonard, son assistante Courtney et Garry (le geek), pour former une équipe improbable et tenter de sauver leurs foyers !

Dans une aventure qui les mènera bien au-delà de ce qu’ils ont connu auparavant, Poppy et Branch découvrent qu’il existe en fait six différentes tribus de Troll réparties sur plus de six territoires différents et dévouées à six différents genres de musique : Funk, Country, Techno, Classique, Pop et Rock. Leur but est de s’agrandir et de se faire entendre.