En Russie, en 1885, les souris sont de plus en plus menacées par les chats. Fievel et sa famille décident alors d'émigrer aux États-Unis où on dit que les rues sont pavées de fromage et qu'il n'y a aucun chat. Après de multiples aventures, Fievel arrive dans la grande métropole et découvre que la vérité est toute autre.

Ben Healy et sa femme ne se doutent guère de ce qui les attend le jour où ils adoptent Junior. Derrière un sourire enjôleur se cache en fait un petit monstre renvoyé de plusieurs orphelinats...

Après un voyage mouvemente, Fievel et les siens arrivent enfin dans le Nouveau Monde. Mais contrairement à leurs rêves les trottoirs de New York ne sont pas en gruyère et les chats de l'Ouest sont tout aussi redoutables que ceux de l'Est. Qu'a cela ne tienne, les Souriskewitz partent a la conquête de l'Ouest.

La méchante reine Gnorga fait disparaître toute végétation au pays des Lutins. Mais Stanley a sauvé son jardin et il le cultive avec amour. Gnora découvrant ce jardin secret l'envoie à New York. Mais son amour pour les plantes est trop fort et le petit Lutin retrouve Central Park où il se fait des amis : Gus et sa petite soeur Rosie. Gnorga, apprenant la victoire de Stanley, se rend à New York pour le détruire...

Les pacifiques Ba'ku, au nombre de six cents, vivent depuis plus de trois cents ans dans un village idyllique, le Carré de Bruyère. Ils ont renoncé au monde moderne et à la technologie en faveur d'un mode de vie agraire et équilibré. Mais, parce qu'ils ont découvert le secret de l’éternelle jeunesse, leur communauté est menacée par les rebelles Son'a qui décident de s'approprier leur territoire. Menés par Ru'afo qui a reçu l'aval de la Fédération, ils préparent ni plus ni moins l’élimination pure et simple de la population Ba'ku. Le capitaine Picard découvre leur projet.

La scientifique Catherine Viciy parvient à ramener à la vie une espèce animale disparue à partir d'ADN fossilisé : un tigre aux dents de sabre. Cependant, le dangereux animal parvient à s'échapper dans les montagnes et tue plusieurs personnes sur son chemin. Viciy et son collègue Anthony Bricklin se voient obliger de faire appel à un chasseur pour récupérer la créature le plus vite possible.