Brian Sweeney Fitzgerald, plus connu sous le nom de Fitzcarraldo, rêve de construire le plus grand opéra du monde à Iquitos, au cœur de l’Amazonie. Pour gagner l’argent nécessaire à son projet, il achète une concession de caoutchouc le long du fleuve Uycali, réputé inaccessible à cause de violents rapides. Pour atteindre sa concession, Fitzcarraldo choisit de descendre le fleuve Pachitea, séparé de l’Uycali seulement par une montagne. Il devra hisser son bateau à vapeur en haut de la montagne pour basculer sur l’autre versant. Sa tentative finit par échouer et Fitzcarraldo transforme son navire en théâtre en accueillant chanteurs et musiciens pour un spectacle unique au cœur de la forêt amazonienne.
En l’an 1327, dans une abbaye bénédictine, des moines disparaissent. Un franciscain, Guillaume de Baskerville, mène l’enquête, aidé du jeune novice Adso von Melk. C’est l’époque où l’Église, en pleine crise, se voit disputer son pouvoir spirituel et temporel. C’est aussi l’apogée de l’Inquisition.
Au Brésil, à la fin du XIXe siècle. Petit paysan ruiné, Francisco Manoel da Silva gagne le surnom de « Cobra Verde » en tuant un homme dans les mines d'or. Devenu contremaître d'une plantation à Bahia, il fait des enfants aux trois filles de son patron, par défi. Pour se débarrasser de lui, ce dernier l'envoie au Dahomey, en Afrique, sous prétexte de réactiver le trafic des esclaves. Contre toute attente, Cobra Verde gagne l'amitié du souverain local, Bossa Ahadee, un homme fou et tyrannique, en l'aidant à résoudre un conflit frontalier. Petit à petit, cependant, les relations entre le monarque et l'aventurier se détériorent. Le premier finit par emprisonner le second…
La famille McBee gouverne une colonie futuriste (un mélange entre un Paris des bas-quartiers et un Berlin divisé). Tous les mâles de la famille sont atteints d'une maladie rare et mystérieuse et nécessitent des transplantations d'organes. Le donneur parfait, Tykho Moon, a probablement été tué dans un incendie. Mais des rumeurs le donnerait pour vivant....
En 1846, le quartier de Five Points, un faubourg pauvre de New York, est le théâtre d'une guerre des gangs entre émigrants irlandais d'un côté, les Dead Rabbits menés par Père Vallon, et les Native Americans de l'autre, dirigés par le sanguinaire Bill le Boucher. Ce dernier met rapidement en déroute les Dead Rabbits en assassinant leur chef, et prend par la même occasion le contrôle exclusif des rues de la "grosse pomme". Afin de renforcer ses pouvoirs, Bill s'allie avec Boss Tweed, un politicien influent. Seize ans plus tard, le gang des Native Americans règne toujours en maître dans New York. Devenu adulte, Amsterdam Vallon souhaite venger la mort de son père en éliminant Bill. Mais sa rencontre avec Jenny Everdeane, une énigmatique pickpocket dont l'indépendance et la beauté le fascinent, va compliquer les choses...