Une entité d'origine extra-terrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L'équipage de l'USS Enterprise est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux amiral Kirk, absent des commandes du vaisseau depuis trois ans...

Le policier New Yorkais Deke DaSilva n'est pas satisfait de la proposition de ses supérieurs qui désirent le muter dans une section anti-terroriste car il aime son travail. On réserve le même sort à son collègue de travail et ils seront rapidement obligés de livrer bataille.