Mona, 16 ans, vit seule avec son frère aîné Phil dans un village du Yorkshire. Entre ses aventures sans lendemain et ce frère en pleine crise mystique, elle s'ennuie ferme. Les choses changent le jour où elle rencontre Tamsin, une jolie jeune fille de bonne famille, un peu sombre et rebelle. Celle-ci fascine aussitôt Mona qui, troublée, entrevoit immédiatement de nouvelles perspectives d'avenir.
Lyra, 12 ans, est une orpheline rebelle qui vit à Jordan College, un établissement de l'Université d'Oxford, dans un monde parallèle qui ressemble au nôtre mais qui a évolué de façon un peu différente. Elle a pour compagnon Pantalaimon, son dæmon, un être capable de prendre de nombreuses formes animales. Le monde de Lyra est en train de changer. L'organisme gouvernemental global, le Magisterium, resserre son emprise sur le peuple. Ses sombres activités l'ont poussé à faire enlever des enfants par les mystérieux Enfourneurs. Parmi les gitans, qui ont perdu beaucoup des leurs, court une rumeur : les enfants sont emmenés dans une station expérimentale quelque part dans le Nord, et on pratique sur eux d'abominables expériences... Lorsque Roger, le meilleur ami de Lyra, disparaît à son tour, la petite fille jure d'aller le chercher, jusqu'au bout du monde s'il le faut.
Londres, au 21ème siècle… Evey Hammond ne veut rien oublier de l’homme qui lui sauva la vie et lui permit de dominer ses peurs les plus lointaines. Mais il fut un temps où elle n’aspirait qu’à l’anonymat pour échapper à une police secrète omnipotente. Comme tous ses concitoyens, trop vite soumis, elle acceptait que son pays ait perdu son âme et se soit donné en masse au tyran Sutler et à ses partisans. Une nuit, alors que deux « gardiens de l’ordre » s’apprêtaient à la violer dans une rue déserte, Evey vit surgir son libérateur. Et rien ne fut plus comme avant. Son apprentissage commença quelques semaines plus tard sous la tutelle de « V ». Evey ne connaîtrait jamais son nom et son passé, ne verrait jamais son visage atrocement brûlé et défiguré, mais elle deviendrait à la fois son unique disciple, sa seule amie et le seul amour d’une vie sans amour…
Au-delà est l'histoire de trois personnages hantés par la mort et les interrogations qu'elle soulève. George est un Américain d'origine modeste, affecté d'un "don" de voyance qui pèse sur lui comme une malédiction. Marie, journaliste française, est confrontée à une expérience de mort imminente, et en a été durablement bouleversée. Et quand Marcus, un jeune garçon de Londres, perd l'être qui lui était le plus cher et le plus indispensable, il se met désespérément en quête de réponses à ses interrogations. George, Marie et Marcus sont guidés par le même besoin de savoir, la même quête. Leurs destinées vont finir par se croiser pour tenter de répondre au mystère de l'Au-delà.
Londres, 1880. Une série de meurtres secoue le quartier malfamé de Limehouse. Selon la rumeur, ces crimes ne peuvent avoir été perpétrés que par le Golem, une créature des légendes hébraïques d’Europe centrale. Scotland Yard envoie Kildare, l’un de ses meilleurs détectives, pour tenter de résoudre l’affaire.