Dans ce nouveau volet, Batman augmente les mises dans sa guerre contre le crime. Avec l’appui du lieutenant de police Jim Gordon et du procureur de Gotham, Harvey Dent, Batman vise à éradiquer le crime organisé qui pullule dans la ville. Leur association est très efficace mais elle sera bientôt bouleversée par le chaos déclenché par un criminel extraordinaire que les citoyens de Gotham connaissent sous le nom de Joker.

Le 19 octobre 2007, le Président George W. Bush se fait assassiner sous les yeux effarés de la foule. Le film retrace l'horreur de cette situation fictive et la traque du meurtrier par le FBI à la manière d'un document TV.