Des catastrophes inexplicables s'abattent sur la Terre, plongeant les humains dans le chaos. Mais des événements se produisent aussi dans l'espace, notamment sur la station spaciale japonaise qui est détruite suite à une attaque par des extra-terrestres ! Les astronautes envoient deux navettes sur la Lune, d'où semble venir les attaques... Ils découvrent alors une base alien au coeur d'un volcan éteint et un combat débute entre les deux espèces, alors qu'au même moment des soucoupes volantes partent en direction de la Terre.

Tokyo, fin du XIXe siècle. Cinq ans ont passé depuis les premières aventures de Sanshiro Sugata. Le vaillant judoka perfectionne son art du judo au près de Yano, son maître vénéré. Il est toujours autant épris de Sayo, la fille de l'un de ses anciens adversaires. Mais c'est un autre vieil ennemi qui lui cause plus de soucis. Les deux frères de Gennosuke Hikagi ne rêvent que de vengeance et menacent dangereusement Sanshiro. Ce dernier devra d'abord vaincre un boxeur venu d'Amérique avant de relever l'ultime défi lancé par les deux frères : un combat pieds nus au sommet d'une montagne enneigée.