Dans l'entre-deux-guerres quelque part en Italie, le pilote Marco, aventurier solitaire, vit dans le repaire qu'il a établi sur une île déserte de l'Adriatique. À bord de son splendide hydravion rouge, il vient en aide aux personnes en difficulté.

Dans une Angleterre uchronique, au XIXe siècle, Ray Steam est le fils de Edward et petit-fils de Lloyd, deux scientifiques inventeurs de machines à vapeur. Ils ne sont pas réapparus depuis plusieurs mois après leur départ pour l'Amérique, lorsqu'un colis contenant une boule métallique (la steamball) parvient au domicile de Ray et sa mère. Mais, deux hommes de la Fondation O'Hara qui financent les recherches des deux paternels, veulent s'en emparer...

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?

Japon. 2034. Des terroristes surnommés « Les onze individuels » prennent les employés de l’ambassade de Chine en otage pour réclamer la fermeture des quartiers des réfugiés chinois. Le premier ministre refusant que l’affaire s’ébruite, la Section 9 est appelée pour intervenir. D’autres actes terroristes sont commis sous ce nom énigmatique. Mais il semble bien que c’est un nouveau « Stand Alone Complex » auquel Motoko et son équipe ont à faire, c'est-à-dire un phénomène faisant que des individus qui ne se connaissent pas œuvrent dans un but commun. L’équipe est à son (cyber) corps défendant chaperonnée par Kazundo Gôda, un homme d’influence dont le visage à moitié défigurée inspire la terreur. Quelles sont les réelles motivations de cet énigmatique individu qui sous couvert de solutionner une situation de crise semble la tirer volontairement vers le chaos général ?...

Un village est ravagé par une épidémie de peste. La kunoichi Kagero escorte une troupe de soldats envoyée sur place pour enquêter mais rapidement exterminée par Tessaï, un des 8 démons de Kimon. Kagero est sauvée in extremis de la mort par l’intervention de Jubei Kibagami. Ce dernier, rônin solitaire, est contraint par Dakuan, un agent du gouvernement, de combattre chacun des 8 démons de Kimon avec l’aide de Kagero. Jubei réalise progressivement que leur chef n’est autre que son pire ennemi, Himuro Genma qui a pour dessein de prendre le pouvoir au Japon...