L'avocat Paul Biegler reçoit un coup de téléphone de Laura Manion lui demandant d'assurer la défense de son mari. Le lieutenant Frederik Manion a tué un propriétaire de bar qui avait violé sa femme. Biegler accepte de le défendre. Le procès commence et la vérité a du mal à émerger, d'ailleurs les avocats et les juges, s'affrontant dans des batailles juridiques, en sont en réalité peu soucieux.
Forte tête de la marine américaine, le lieutenant Tuck Pendelton se porte volontaire pour une expérience très risquée. Miniaturisé, aux commandes d’un submersible de poche, il va être injecté dans l’organisme d’un lapin. Mais de méchants espions industriels s’emparent de la puce qui peut inverser le processus. C’est alors que Tuck se trouve propulsé dans l’arrière‐train d’un modeste employé de supermarché. Il va devoir convaincre son hôte de le sortir de là !
Craig Schwartz est marionnettiste de rue, mais ne parvient pas à vivre de son art. Lotte, son épouse, s'intéresse beaucoup plus à ses animaux qu'à lui. Devant leurs difficultes financières, le jeune homme trouve un emploi au septième étage du building de l'entreprise Lester. En classant des dossiers, Craig découvre une porte dérobée et l'emprunte. Celle-ci le conduit pour quinze minutes à l'intérieur de John Malkovich. Cette prodigieuse découverte va lui permettre de changer de vie.