Inspecteur à Reykjavik, Erlendur enquête sur le meurtre d'un vieil homme apparemment sans histoire. La photo de la tombe d'une petite fille retrouvée chez la victime réveille pourtant une affaire vieille de quarante ans. Et conduit Erlendur tout droit à Jar City, surprenante collection de bocaux renfermant des organes, véritable fichier génétique de la population islandaise...

Anna Halgrimsdottir vit à Reykjavik avec ses deux fils : Ulfur et Hrafn. Lassée du froid islandais, elle décide de vendre son commerce afin de pouvoir quitter l'île. Son commerce, la vente de marijuana, est plus que prospère, aussi veut-elle en obtenir un bon prix. Le "repreneur" auquel elle va céder son téléphone portable (objet magique qui contient les coordonnées de tous ses clients) lui demande 48h pour rassembler l'argent. Pendant ces 48 heures, Anna va se trouver entraînée dans tout un tas d'histoires ô combien islandaises ponctuées de rencontres inattendues et loufoques. Alors qu'elle sillonne l'île d'un bout à l'autre, sa maison se transforme en salle d'attente où ses clients, de plus en plus nombreux, s'impatientent de son retour afin de pouvoir acheter leurs grammes quotidiens.