Trois petites histoires composent Memories. La première : "Magnetic Rose" , deux voyageurs de l'espace sont aspirés dans un monde parallèle sur un astéroïde. Un monde créé par les souvenirs d'une femme. Dans la deuxième, "Stink Bomb" , un jeune assistant dans un laboratoire se transforme accidentellement en un arme biologique humaine qui menace Tokyo. L'épisode final et troisième, "Cannon Fodder" , relate un jour de la vie d'une ville qui a pour unique préoccupation d'anéantir ses ennemies.

XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.

Yakumo, monarque déchu du Royaume des Ombres arrive sur Terre pour ouvrir les cinq portes. Les éléments sacrés qu'elles enferment lui serviront à faire renaître son univers. Banni après avoir perdu la guerre contre le Royaume des Morts, le temps de la vengeance est enfin arrivé. Yusuke et ses amis, prévenus du danger par Botan, parviendront-ils à contrer les plans de Yakumo ?