Une cyber-attaque révèle l’identité de tous les agents britanniques sous couverture. Johnny English devient alors le dernier espoir des services secrets. Rappelé de sa retraite, il plonge tête la première dans sa mission : découvrir qui est le génie du piratage qui se cache derrière ces attaques. Avec ses méthodes obsolètes Johnny English doit relever les défis de la technologie moderne pour assurer la réussite de sa mission.
Ben sort du coma et découvre que sa femme a trouvé la mort dans un accident de voiture. Hanté par sa mémoire et anéanti par sa peine, il tente néanmoins de reconstruire sa vie et sympathise avec sa jeune voisine… Mais ses propres démons ne le lâchent pas. Ben a d'étranges visions et sombre peu à peu dans la folie… Que s'est-il réellement passé le soir de l'accident ?