Une Terre où régnait la paix. Cependant, des survivants de l'armée de Freezer, Sorbet et Tagoma arrivent sur la planète. Leur but est de ressusciter Freezer avec les Dragon Balls. Leur terrible souhait est accordé, et le "F" qui avait organisé sa vengeance sur les Saiyans est revenu à la vie... !

Kōji Kabuto, un lycéen et son robot Mazinger Z, livrent bataille au Dr. Hell, un savant fou qui veut dominer le monde.

L'histoire prend place dans la ville de Tokoname située dans la préfecture d'Aichi. Nous y suivons le quotidien de Miyo Sasaki, une collégienne amoureuse de son camarade de classe nommé Kento Hinode. Malgré tous les efforts de Sasaki pour se faire remarquer, Hinode ne fait pas attention à elle. Un jour, elle découvre un étrange masque lui permettant de se transformer en un chat nommé Tarō. Grâce à cet objet, elle peut se rapprocher de celui qu'elle aime. Cependant, à force de l'utiliser, elle pourrait bien ne plus retrouver sa forme originelle...

Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?

L’Alchemia, qui régit le continent de Babel, n’est plus. Les démons des ténèbres prennent petit à petit place, dans ce monde devenu désolé. Dans la vie de tous les jours, Kasumi est une élève un peu maladroite. Son quotidien changera quand elle se verra invoquée dans le continent de Babel.

L'histoire se déroule 6 ans après les événements de Digimon Adventure et 3 ans après ceux de Digimon Adventure 02 (les films étant également comptabilisés). Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Elus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.

Enmu, la première Lune Inférieure, a été chargé de tuer Kamado Tanjirô pour devenir une Lune Supérieure et avoir plus sang de Muzan. Pendant ce temps, Tanjirô, Zen'itsu et Inosuke décident d'acheter des billets pour monter à bord du train de l'infini et ainsi rejoindre Rengoku Kyôjurô, le Pilier de la flamme, dans l'espoir d'en apprendre davantage sur la danse du dieu du feu.

Cherry est un jeune garçon de 17 ans ayant du mal à communiquer avec les gens et s'exprimant plus facilement à travers des Haïkus (poèmes courts). Il fait un jour la rencontre de Smile, une jeune fille qui cache son complexe physique à l'aide d'un masque. Grâce à la musique et les mots, ces derniers vont finir par se rapprocher.